Issendilen est situé dans le Tassili n'Ajjer, à environ 120 km à vol d'oiseau au sud de la capitale régionale, Illizi, et à 150 km au nord-ouest de Djanet. Son altitude est de 1 070 m.Le village est une oasis nichée dans une vallée délimitée par de hautes falaises.
Seul véritable point d'eau de la région, la vallée d'Iherir a été classée par l'UNESCO comme Patrimoine mondial (1982) et Réserve de l'homme et de la biosphère (1986). Elle est également considérée comme une « zone humide d'intérêt mondial » par la convention de Ramsar